Fundada em 11 de setembro de 1898, com a denominação “Filarmónica Flor da Liberdade Junqueirense”, por escritura pública no cartório Notarial de Macieira de Cambra, teve a sua primeira sede no lugar da Calvela, freguesia de Junqueira. Com dúzia e meia de elementos, fez a sua primeira atuação pública na Páscoa de 1899.
Com o decorrer dos anos, a filarmónica foi progredindo em marcha lenta, devido ao baixo nível de vida dos elementos que a constituíam, na sua quase maioria camponesa.

Em 1935, resolveu a sua direção alterar a denominação para “Banda Musical Flor da Mocidade Junqueirense”, denominação que ainda hoje tem e que foi oficializada através de escritura pública outorgada no Cartório de Vale de Cambra.
Em 1949 construiu sede própria em Junqueira de Cima, de reduzidas dimensões e deficientes condições, as quais iam aumentando à medida que os anos passavam, assim, viu-se obrigada a iniciar a construção de uma nova sede a qual foi inaugurada pelo Exmo. Governador Civil de Aveiro em 18 de junho de 1995.
Ao longo deste tempo muitos foram os regentes que passaram pela direção artística da Banda Junqueirense, destacam-se, entre muitos, Manuel Marques, Fernando Batista, Manuel Joaquim Almeida e, o atual Maestro, Paulo Almeida.
Entre 12 e 22 de junho e 1993, a Banda fez uma digressão pelos Estados Unidos (EUA), onde participou nas comemorações do dia de Portugal e das Comunidades Portuguesas em Newark.
Em maio 2001, gravou o seu primeiro CD “Sons e Melodias” e, em outubro de 2001, o segundo denominado “Czardas”.
O ano de 2003 ficou marcado pelas comemorações do 105º Aniversário e pelo lançamento do terceiro CD “Olá Junqueira” (este com alguns exclusivos e algumas obras alusivas à Banda e à freguesia de Junqueira).
Em julho de 2004, a Banda Musical Junqueirense realizou um concerto na Galiza, a convite do Ministério da Cultura e da Junta da Galiza - Espanha.
Mais recentemente em 2013, comemorou o seu 115º Aniversário, com a realização do IV Encontro de Bandas Filarmónicas em Junqueira. Ainda em 2013 atuou no Rossio, em Lisboa no VI Festival de Bandas de Lisboa (COM’PAÇO) e mais tarde nesse mesmo ano na Casa da Música no Porto, no Encontro de Bandas Filarmónicas.
Em agosto de 2015 surge o mais recente trabalho discográfico - “Mocidade Junqueirense - Vol. 4”.
Com o nome do seu fundador, a Escola de Música “Manuel Joaquim Almeida” conta com 28 alunos, tendo como responsável a Prof. Andreia Soares e como responsável pela Orquestra Juvenil o Prof. Tiago Tavares, permitindo que os alunos da escola tenham a sua primeira experiência de tocar em grupo, o que mais tarde os ajuda na sua integração na Banda Musical.
Atualmente a Banda Musical "Flor da Mocidade Junqueirense” é constituída por cerca de 63 elementos, na maioria, jovens que fizeram a sua formação na própria escola da banda.
Em 2018,
Presidente: Pedro Tavares
Maestro: Paulo Almeida